Se analiza el importante rol de la acción de los microorganismos en los ecosistemas, con particular atención en los agroecosistemas. Los aspectos de transferencia de energía y materia en sus principales pasos metabólicos y los factores ambientales que modifican los principales procesos de descomposición, transformación y síntesis de materia.
Tipos de diversidad microbiana y factores ecológicos que resultan en el desarrollo de interacciones de beneficio (simbiosis) o deterioro (enfermedades). Métodos de evaluación de las funciones y estructura de la comunidad microbiana.